První zmínka o Pustých Jakarticích je v listině Přemysla Otakara II. z roku 1270 (latinsky jako Minus Ekhartowitz), kdy zde ležící osada patřila k majetku velehradského kláštera na Opavsku. V té době se ovšem nejmenovaly Pusté, nýbrž Malé Jakartice. Název pochází, tak jako je tomu ve většině případů středověkých lokací, od osobního jména zakladatele, který se jmenoval Jakart. Ve 14. století vlastnila Jakartice ženská odnož minoritského řádu - řeholní sestry svaté Kláry, jejichž klášter stál v Opavě hned vedle minoritského (na dnešní Masarykově ulici u kostela sv. Ducha). Jakartice byly v té době spravovány spolu s Hoštičkami (dnešní Malé Hoštice), kde měl řád klarisek své druhé hospodářské centrum.

Od počátku 16. století byly Malé Jakartice při Hoštičkách v držení šlechtického rodu Tvorkovských z Kravař, přičemž většinu let byly neobydlené. Poté, co osada ke konci 15. století zpustla, vznikla na jejím místě teprve koncem 17. nebo počátkem 18. století malá skupina domů s názvem Pusté Jakartice. Také v době, kdy Hlučínsko patřilo Prusku (1742-1920) byly Pusté Jakartice správní částí Malých Hoštic. Z této doby, kdy osada ležela na státní hranici, pochází i její lidový název Klingenbeutel, nebo nářečně Kynybajtel, a to podle celního úřadu, který zde byl umístěn. Roku 1970 byly obě obce připojeny k městu Opava.

Historické názvy: Malé Ekartice, Minus Ekhartowitz, Malé Jakartice.